Ngày 3 tháng 2 năm 1565 Darnley rời khỏi London và vào ngày 12 ông có mặt ở Edinburgh. Ngày 17 tháng 2, ông ra mắt Mary tại Lâu đài Wemyss, Fife. James Melville xứ Halhill tường thuật rằng "Nữ hoàng bệ hạ tỏ ra ân cần với ông ta, và nói rằng ông ta người đàn ông cường tráng và cân đối nhất mà Người từng gặp."[18] Sau một chuyến thăm phụ thân tại Dunkeld, Darnley trở về với Mary và triều đình tại Holyrood ngày 24 tháng 2. Ngày hôm sau ông nghe John Knox thuyết giảng, và ông khiêu vũ cùng Mary vào buổi tối. Kể từ đó, ông trở thành người được Mary sủng tín nhất.[2]

Darnley là em họ thứ nhất của vợ ông thông quah Margaret Tudor, điều này khiến cả Mary và Darnley nằm trong những vị trí đầu tiên trong danh sách kế vị ngai vàng Anh. Darnley cũng là hậu duệ của một hoàng nữ của vua James II của Scotland và cũng nằm trong danh sách kế vị ở Scotland.

Như một sự chuẩn bị cho cuộc hôn nhân, Darnley đã được phong làm Huân tước của Ardmanoch và Bá tước của Ross tại Lâu đài Stirling vào ngày 15 tháng 5, 1565. Một đoàn tùy tùng gồm 15 người đàn ông đã được phong làm hiệp sĩ, trong đó có anh cùng cha khác mẹ của Mary, Sir Robert Stewart của Strathdon. Robert Drummond của Carnock, và James Stewart của Doune Castle [19] Ở Anh, một hội đồng được lập ra để thảo luận về những nguy hiểm đến từ cuộc hôn nhân dự định sẽ diễn rta vào ngày 4 tháng 6 năm 1565. Một trong các quyết định của họ là để hòa giải với Lady Catherine Grey, một đối thủ của Mary Stuart cùng tranh giành ngai vàng Anh.[20] Mary gửi John Hay, Commendator của Balmerino, đến đàm phán với Elizabeth; Elizabeth yêu cầu giao trả Darnley, và đã cho John Hay những bằng chứng rõ ràng cho thấy sự không vừa lòng của bà.[21]

Ngày 22 tháng 7, Darnley được phong làm Công tước Albany tại Nhà thờ Holyrood, và sự công bố hôn nhân được nêu lên trong giáo xứ Canongate. Một lời tuyên bố được đưa ra tại cross tại Edinburgh vào ngày 28 tháng 7 rằng chính phủ sẽ ghi tên chung của họ là vua và nữ hoàng của Scotland, Darnley được đối xử công bằng hơn, nhưng được ưu tiên hơn, vẫn là Mary.[22][23]

Ngày 29 tháng 7 năm 1565, cuộc hôn nhân diễn ra theo nghi thức Công giáo tại nhà nguyện riêng của Nữ hoàng tại Holyrood, nhưng Darnley (có tôn giáo tín ngưỡng không cố định - ông được nuôi dạy như một người Công giáo, nhưng sau đó đã bị ảnh hưởng bởi đạo Tin lành[24]) – từ chối để đi cùng với Mary đến lễ met sau lễ cưới chính.[2]